La vida matrimonial se volvió difícil desde que Krøyer comenzó a atravesar períodos de enfermedad mental, hacia 1900.

Marie inició una relación amorosa extraoficial con el compositor sueco Hugo Alfvén, quien también se vio cautivado por su belleza.

Era muy difícil en esos días para una mujer formarse como artista, pero ella era talentosa y contaba con el apoyo de sus padres.

[3]​ En 1887, realizó su primera breve visita a Skagen, pero no hay registros de trabajos creados por ella en esa ocasión.

Marie también se hizo amiga de los pintores Harald Slott-Møller y su mujer Agnes Rambusch.

Agnes contribuiría toda su vida a sostener y alentar las búsquedas artísticas de Marie.

[9] El matrimonio con Krøyer aparentemente disminuyó las ambiciones de Marie por forjarse un nombre propio como pintora.

También se evidencia que padeció depresión posparto después del nacimiento de su hija Vibeke en 1895.

Mientras estaba en Taormina con su hija Vibeke, Marie quiso que su amiga la cantante Anna Norrie fuera y se uniera a ella.

Alfvén, cinco años menor que ella, empezó a perseguirla inmediatamente y Marie enseguida sucumbió.

Krøyer estaba equivocado; la relación persistió y Marie nunca perdió una oportunidad de estar junto a Alfvén en Skagen, Copenhague o incluso en Suecia.

Marie pasó dos años allí criando a su hija hasta que se reunió con Alfvén en Suecia en 1907.

Alfvén en primera instancia dudó en casarse con Marie, temiendo repercusiones en su carrera como director de coro.

Construida enteramente bajo su diseño propio, Alfvéngaard puede ser considerada como la obra maestra de Marie Krøyer, especialmente porque también creó el mobiliario y los interiores.

También diseñó una cantidad de pequeños y bonitos edificios en el estilo local alrededor del Estado.

Una combinación entre las limitaciones impuestas a la mujer de fines del siglo XIX con una personalidad depresiva.

Como estaba suscrita a la revista El Estudio, también podía seguir los proyectos de William Morris y Edward Burne-Jones, quienes eran miembros del movimiento Arts & Crafts.

Fue también la arquitecta detrás de Alfvénsgaard, la casa que ella y Alfvén compartieron en Tällberg, Suecia.

En 1905, después de que Krøyer finalmente le diera el divorcio, se mudó a Dalarna en Suecia donde Alfvén había comprado un gran terreno junto al Lago Siljan.

Reaccionando en contra de la industrialización, los intelectuales suecos que apoyaban la naturaleza y las antiguas tradiciones constructivas se habían mudado a esa región.

Marie planificó su nueva casa, Alfvénsgaard, combinando tradiciones constructivas suecas locales con interiores en estilo Art Nouveau a la vez que tomaba en cuenta las habilidades artesanales danesas.