Cuando se produjo la crisis de Udalbiltza, que la dividió en dos organizaciones diferentes, Ugarteburu se alineó con la Udalbiltza que agrupaba a los cargos electos de la izquierda abertzale, junto con algunos independientes como ella misma.
Por ello en 2003 fue reelegida alcaldesa, esta vez compitiendo contra una candidatura del PP, que no obtuvo ni un solo concejal y escasos votos.
En 2004 abandonó el cargo municipal, antes de que finalizara la legislatura.
Ugarteburu fue una de las 22 personas que finalmente resultaron encausadas en el caso Udalbiltza.
[2] Durante el proceso judicial, Ugarteburu fue la portavoz de los encausados.