Trooger dedicó sus primeros años de carrera casi en su totalidad al teatro.
En 1962 su fama creció al actuar en el film Das Halstuch, considerado como el más acertado de la serie dedicada a Francis Durbridge.
Más adelante actuó en varias películas de Edgar Wallace, entre ellas Der Hexer (1964), junto a René Deltgen.
Margot Trooger tuvo un gran éxito como actriz de series televisivas, interpretando papeles principales en producciones como Unser Sohn Nicki, Familie Mack verändert sich y Der Herr Kottnik.
A finales de los años 1970, la actriz decidió retirarse por padecer una fibrosis pulmonar.