Margarita se casó hacia 1133 con García Ramírez, poco antes de su ascenso al trono de Pamplona.

Es inusual la frecuente mención de la reina en varios diplomas, hasta en 13 ocasiones, en comparación con las realizadas con otras reinas anteriores y posteriores.

Incluso «en alguna ocasión dejó su signo de suscripción, una cruz, junto al de su marido»[5]​ Así en una carta datada en 1135 se confirmó los derechos y privilegios de la iglesia de Pamplona cum consilio et auctoritate uxoris mee Margarite regine.

[6]​[7]​ Margarita dio a luz al hijo y heredero de García, Sancho VI, así como a dos hijas que se casaron cada una de ellas con reyes, la mayor, Margarita, que se llamó así por su madre, se casó con Guillermo I de Sicilia, mientras que la menor, Blanca, nacida después de 1133, se casó con Sancho III de Castilla.

[10]​ Su marido más adelante volvió a casarse con Urraca la asturiana.