[1]​ Hija de la galerísta y coleccionista Juana de Aizpuru,[2]​ creció en un ambiente familiar relacionado con el arte ya que su madre abrió su primera galería en Sevilla en el año 1977 para posteriormente trasladar la galería Juana de Aizpuru a Madrid.

En este entorno cosmopolita e internacional, no se dedicó al arte en sus inicios ya que se licenció primero en Derecho y poco después en Historia del Arte en la Universidad de Sevilla.

[5]​[6]​ Margarita Aizpuru trabaja en los nuevos medios como el video-arte[7]​ o la performance interesándose por el papel de la mujer en el mundo del arte.

Dirige desde hace más de una década los "Encuentros Internacionales de Arte y Género"[9]​ e imparte asiduamente cursos como profesora sobre comisariado de arte contemporáneo, audiovisuales, performance, fotografía y arte y género.

En 2013 comisarió "Feminis-Arte" en el contexto del Festival Miradas de Mujeres organizado por la asociación MAV Mujeres en las Artes Visuales de la que es socia fundadora y miembro del Consejo Asesor.