Por su parte, Jorge conspiró contra su hermano el rey Eduardo, a consecuencia de lo cual fue ejecutado por traición, perdiendo sus tierras y títulos.

[2]​ Adicionalmente, Margarita, sin medios para poder mantenerse así misma y a sus hijos, se vio obligada a vivir en Syon Abbey, un monasterio habitado por monjas de la Orden del Santísimo Salvador de Santa Brígida,[4]​ donde permaneció hasta que obtuvo el favor del nuevo monarca, Enrique VIII, tras su subida al trono en 1509.

El tercer hijo de Margarita, Reginald, estudió en Padua, ejerció como deán en Exeter y Wimborne Minster, Dorset, y fungió como canon en York, si bien todavía no había sido ordenado sacerdote.

El embajador imperial Eustace Chapuys sugirió dos años más tarde que María fuese puesta al cuidado de Margarita, a lo que el rey se negó refiriéndose a la condesa como «una tonta, sin ninguna experiencia».

[2]​ En 1531, Reginald Pole advirtió los peligros del matrimonio del rey con Ana Bolena, por lo que regresó a Padua en 1532, recibiendo un último beneficio de Inglaterra en diciembre de aquel año.

Chapuys sugirió al emperador Carlos V que Reginald contrajese matrimonio con María para combinar ambos sus aspiraciones dinásticas, comunicándose además con Reginald a través de su hermano Geoffrey.

Reginald replicó a los libros que Enrique le había enviado con su propio panfleto, pro ecclesiasticae unitatis defensione o de unitate, el cual negaba la postura del rey acerca del matrimonio con la esposa de un hermano así como la supremacía real.

Al día siguiente, Cromwell fue informado por escrito acerca del interrogatorio y de la compostura que Margarita mantuvo en todo momento.

Poco después, la condesa fue trasladada desde Warblington hasta Cowdray Park, cerca de Midhurst, donde fue recluida en la casa del conde de Southampton, si bien, pese a los interrogatorios a los que volvió a ser sometida, no se pudo probar delito alguno contra ella, permaneciendo allí seis meses.

Como parte de la evidencia para el bill of attainder interpuesto (acto legislativo mediante el cual se condena, a menudo sin juicio, a una o varias personas), Cromwell mostró una túnica en la que figuraban las Cinco llagas de Cristo, símbolo del apoyo de Margarita al catolicismo y la doctrina que defendían su hijo Reginald y la hija mayor del rey, María.

[3]​ Debido a que era de noble cuna, Margarita tuvo una ejecución privada.

Se presumía que debido a su avanzada edad y a su larga reclusión Margarita estaría en una débil condición física, aunque al momento de ser ejecutada luchó y tuvo que ser obligada mediante el uso de la fuerza a colocar su cabeza en el bloque de decapitación.

Ambos documentos difieren sensiblemente, con el testimonio de Marillac, publicado dos días después del suceso, afirmando que la ejecución tuvo lugar en una esquina de la Torre con tan pocas personas presentes que aquella misma tarde las noticias sobre su muerte fueron puestas en duda.

Chapuys informó de que «al principio, cuando la sentencia de muerte se le dio a conocer, encontró la cosa muy extraña, no conociendo de qué crimen estaba acusada, ni cómo había sido sentenciada», y que, debido a que el principal verdugo había sido enviado al norte para hacer frente a los rebeldes, la ejecución fue realizada por «un miserable y torpe joven que literalmente cortó su cabeza y hombros en pedazos de la manera más dolorosa».

Un documento apócrifo, descrito en la obra The Complete Peerage como una invención para explicar las escabrosas circunstancias de su muerte, sostiene que Margarita se negó a apoyar la cabeza en el bloque de decapitación, gritando: «Así deberían morir los traidores, y yo no lo soy».