Pocas semanas más tarde fue enviado al Paraguay.

En el camino se unió a la comitiva del padre Alonso de Bárcena, que estaba misionando en la zona del río Pilcomayo; juntos entraron a Asunción en septiembre de ese año.

Se decidió entonces que las misiones fueran permanentes, con pueblos específicos para los indígenas.

Organizó el pueblo, erigió la iglesia, distribuyó los campos y atrajo muchos indígenas de la zona.

[1]​ Pero sus superiores, que no querían perderse a un brillante humanista, lo llamaron de regreso a Asunción, para que dictase cátedras de varias ciencias.