Su vida estuvo envuelta en el misticismo, pero también en la polémica,[1] debido a las intrigas conventuales generadas por las rivalidades entre órdenes religiosas y el papel que jugaban en ellas desde fuera las clases altas de la ciudad.
[2] Se llegó a insinuar que la relación con su confesor no era del todo apropiada para una religiosa como lo era ella.
[3] Sin embargo, el fraile dominico José Herrera se refería que entre sus virtudes estaba el dar vista a los ciegos, hacer oír a los sordos y que los mudos hablasen.
De esta manera proceden en otras culturas los sacerdotes chamánicos para la curación de los convalecientes, esto ha hecho que actualmente se haya apodado a Sor María Justa como «La Chamán».
Estas eran personas que profesaban doctrinas consideradas heréticas por la Iglesia católica, los cuales creían en la unión del ser con Dios sólo a través de experiencias místicas y la oración privada, sin intermediación de los sacramentos.