Cuatro años más tarde, se casó con su primo hermano Enrique Estuardo, Lord Darnley, con quien, en junio de 1566, tuvo su único hijo, Jacobo.

Al percibirla como una amenaza, Isabel I la confinó en varios castillos y palacios señoriales en el interior del país.

[33]​ Poco antes de la coronación, fueron arrestados por Enrique VIII los comerciantes escoceses que se dirigían a Francia y sus bienes fueron confiscados.

[55]​ Su belleza era alabada por muchos de sus contemporáneos y su complexión física tenía el porte solemne que se apreciaba en una soberana.

[56]​ En algún momento de su infancia o niñez contrajo viruela, que no le dejó marcas visibles en su físico al tratarse con un ungüento especial;[57]​ sin embargo, Isabel I describió su tez desfigurada por la enfermedad.

Los derechos reclamados se remontaban a los hermanos Enrique VIII y Margarita Tudor (abuela paterna de María).

[81]​ Catalina de Médici, ya regente del hermano de diez años del fallecido rey, Carlos IX, creía que dos reinas viudas eran demasiadas y, cuando los Estuardo regresaron a la corte, le ordenó regresar a Escocia para arreglar la grave crisis que se estaba gestando en su país.

[83]​ La reina se negó a respaldar las leyes aprobadas por el Parlamento y la nueva Iglesia existía en un estado de inseguridad jurídica.

[85]​ Al haber vivido en Francia desde los cinco años tenía poca experiencia con la peligrosa y compleja situación política en Escocia; si no contaba con el apoyo de su prima Isabel I, tendría que capitular rápidamente.

[89]​[90]​ Knox fue convocado por la reina para objetar contra sus maldiciones, pero no se presentó; más tarde, lo acusó de traición, aunque fue absuelto y puesto en libertad.

[91]​ Para decepción del bando católico, la reina toleró la supremacía protestante recientemente establecida[92]​ y mantuvo a su medio hermano, el conde de Moray, como su principal consejero.

Además, la única incorporación posterior significativa al concilio, lord Ruthven, en diciembre de 1563, era otro protestante que personalmente le desagradaba.

Sin embargo, María no vio ninguna ventaja en esa unión y tuvo un altercado con su tío, por haberla involucrado demasiado en otros acuerdos políticos.

[135]​ La causa de su enfermedad era desconocida; los diagnósticos posibles fueron agotamiento físico y estrés mental,[136]​ una hemorragia debido a una úlcera gástrica[137]​ o porfiria.

[148]​ En las primeras horas de la mañana, una explosión devastó Kirk o' Field y Darnley fue encontrado muerto en el jardín, aparentemente sofocado.

[162]​ Bothwell y su primera esposa, Jean Gordon, hermana de lord Huntly, se habían divorciado doce días antes.

[167]​ Los lores rompieron su promesa y, en la noche siguiente, María fue encerrada en el castillo de Lochleven en una isla del lago Leven.

Además, no quiso participar en la investigación en York —envió representantes en su lugar—, aunque de todas formas su tía prohibió que asistiera.

Al final, el conde de Moray regresó a Escocia como regente, mientras la detenida permaneció bajo custodia en Inglaterra.

Isabel I había logrado sostener en el poder un gobierno protestante en Escocia sin tener que condenar ni liberar a su soberana legítima.

[217]​[xvii]​ En las residencias vivía con las comodidades de una aristócrata,[218]​ excepto que solo se le permitía salir bajo estricta supervisión.

[228]​ Los principales secretarios ingleses —Francis Walsingham y William Cecil, lord Burghley— vigilaron a la detenida cuidadosamente con la ayuda de espías instalados en su círculo cercano.

[232]​ Se publicaron las «cartas del cofre» en Londres para desacreditar a la detenida[233]​ y continuaron las tramas centradas en ella.

[235]​ La reina inglesa también rehusó la «asociación» porque no confiaba en que su prima cesara de conspirar contra ella durante las negociaciones.

[241]​ Gilbert Gifford, un mensajero involucrado en el plan para liberar a María, a su regreso de Francia, fue capturado por Walsingham y le convenció para que trabajara para él: una vez que Paulet fue informado, Gifford pudo contactar a María, quien no había recibido cartas desde el año pasado, y le puso al tanto de una forma de contactar con sus corresponsales franceses, sin que Paulet se enterara.

Una vez copiadas, Gifford las entregaba al embajador francés, quien las llevaba consigo a Thomas Morgan, corresponsal de María en París.

[258]​ Al final del juicio, pronunció ante sus jueces: «mis señores y caballeros, pongo mi caso en manos de Dios».

[259]​ Fue declarada culpable el 25 de octubre y sentenciada a muerte casi por unanimidad, excepto por un comisionado, lord Zouche, quien expresó cierta disidencia.

[268]​ El verdugo Bull y su ayudante se postraron ante ella y le pidieron perdón, ya que era habitual que lo hicieran ante los sentenciados a muerte; ella respondió: «os perdono con todo mi corazón, porque ahora, espero, daréis fin a todos mis problemas».

Sus últimas palabras fueron: In manus tuas, Domine, commendo spiritum meum («En tus manos, oh Señor, encomiendo mi espíritu»; cf.