Tras largas discusiones los coroneles españoles fueron expulsados de la catedral pero éstos continuaron protestando en la plaza principal, cuando acabó la ceremonia y los miembros del Cabildo salían de la catedral fueron insultados por los coroneles españoles.
Se le informó a Franco que todavía existía un grupo de rebeldes indígenas en una hacienda cercana, pero el coronel creyó que estos se alejarían viendo el pueblo quemado y decidió no perseguirlos, el regimiento volvió a La Paz y se encontró en el camino con el regimiento de Ignacio Pinedo y Montúfar que iba camino a Laja para derrotar otro movimiento rebelde, varios de los soldados de Franco se unieron a esta campaña.
Franco salió a enfrentarlos con varios granaderos, caballería, 4 cañones de pedrero y algunos ciudadanos voluntarios como Francisco Tadeo Díez de Medina, el ataque consiguió que los indígenas se retirasen pero no logró romper el cerco.
[3] El 26 de marzo el comandante Segurola ordenó atacar a los rebeldes del valle de Poto Poto, Franco salió con 600 hombres y su ataque fue tan sorpresivo que logró expulsar a los indígenas al otro lado del río Orckojahuira.
Franco ordenó a sus hombres cruzar el río y tomar el campamento enemigo pero sus tropas se encontraron enfangadas al intentar cruzar, los indígenas se dieron cuenta de esto y atacaron a los soldados.
Segurola ordenó a Franco salir con 400 soldados y estar atento a la señal, pero el cañón nunca se escuchó, en cambio 600 indígenas atacaron por el barrio de San Francisco y Franco tuvo que retroceder dentro de las murallas.
Las tropas de la ciudad volvieron a repeler los ataques indígenas en varias ocasiones.
El 8 de octubre cientos de indígenas se acercaron a las murallas y pedían la cabeza del comandante Segurola, salió a enfrentarlos el coronel Franco que los hizo retroceder pero no logró evitar que los rebeldes vuelvan con nuevos bombardeos.
El 19 de octubre José de Reseguín llegó a liberar la ciudad con 7000 hombres, para noviembre lograría derrotar la rebelión indígena y arrestar al caudillo Túpac Katari.
[1] Manuel Tomás Franco se casó en la ciudad de La Paz en 1770 con María Josefa Villavicencio, vivieron en una casona cercana a la Iglesia del Carmen y tuvieron la siguiente descendencia: