De 1779 a 1781, como pensionado del príncipe de Asturias, el futuro Carlos IV, y firmándose Manuel Muñoz y Matarranz, coloreó las trescientas treinta láminas de plantas estampadas al natural por Celedonio de Arce encuadernadas en cinco volúmenes conservados en la Real Biblioteca del Palacio Real de Madrid.
[1] Bajo la dirección del primer catedrático del Real Jardín Botánico de Madrid Antonio Palau, con letra pulcra y buena ortografía Ugena escribió también la denominación conforme a la nomenclatura binaria de cada planta, siguiendo la clasificación de Linneo, y la descripción de sus principales características y usos.
[2] La colaboración con el estampador se extendió al dibujo para el grabado de Juan Antonio Salvador Carmona del retrato ecuestre del príncipe esculpido en marfil por Arce, fechado en 1781.
[3] De sus trabajos para los palacios reales, siempre por encargo de Carlos IV, consta el diseño en 1785 de las colgaduras y dosel con el resto del mobiliario (sillón, consolas, espejo y chimenea) del Salón del besamanos de María Luisa de Borbón, aún princesa de Asturias, en el Palacio Real de Madrid, espacio actualmente denominado Saleta de la Reina Cristina del que se han retirado dosel y sillón que se exponen en la Galería de las Colecciones Reales.
[6] Con el director del Real Jardín Botánico Casimiro Gómez Ortega colaboró en la publicación de la Flora española selecta, una colección de estampas de plantas de España y sus posesiones poco comunes, de la que salió un primer cuadernillo o primer ramillete con seis láminas grabadas y coloreadas por José Gómez de Navia por pinturas de Ugena y descripciones de Gómez Ortega en latín y español en 1791, anunciada su venta en la Gaceta de Madrid del 6 de enero de 1792:[7] Quizá por el elevado precio de las estampas coloreadas a mano, lo que determinó a sus editores a ofrecer las láminas a la venta también en negro para facilitar su adquisición a los menos pudientes,[9] la publicación y venta del segundo cuadernillo se retrasó hasta octubre de 1793, y la colección no tuvo continuidad.