[1]​ Fue nombrado presidente gracias a la ampliación de capital que el club llevó a cabo el verano de 2009 para equilibrar sus cuentas y rebajar la elevada deuda económica que arrastraba.

Llorente no quiso renovar a Benítez por un tema económico Junto a Javier Gómez en el departamento económico estuvo presente en la era de los mayores éxitos deportivos recientes del conjunto valencianista, pero no fue todo un camino de rosas.

En 2002 un embargo de hacienda por deudas a la seguridad social impidió al club realizar fichajes.

[7]​ En febrero de 2007 pasó a ser presidente del Pamesa Valencia y director general, debido al traspaso de poderes que Juan Roig efectuó a su favor, dejando el cargo dos años más tarde para volver al Valencia CF, en esta ocasión como presidente.

[18]​ A pesar de todo ello el club ha mantenido un buen nivel deportivo en cuanto a resultados, siendo 3º en la clasificación durante tres temporadas consecutivas (2009/10, 2010/11 y 2011/12) con el entrenador Unai Emery como entrenador del equipo, y por tanto clasificado para disputar cada temporada la Liga de Campeones, lo que proporcionaba altos ingresos a la entidad.

En cambio el verano de 2012 decide no renovar al entrenador guipuzcoano alegando un fin de ciclo,[19]​ sumado a las críticas y al desapego que sufría el entrenador con la afición valencianista.

Por otra parte, el club terminaba las temporadas con beneficios económicos en lugar de pérdidas,[20]​ lo que hacía reducir su deuda aunque fuera levemente.

Al ser la Generalidad el avalista de este préstamo le correspondió realizar dicho pago con dinero público, y por tanto intervino en la Fundación nombrando nuevos patronos (presididos por Federico Varona) de un perfil más técnico para conseguir financiar a la Fundación, y que así ésta pudiera cumplir con sus pagos y el club no pasara a ser propiedad del gobierno.

Más adelante y ya con el proceso de venta del club en marcha (Que acabó con la venta del Valencia CF a Peter Lim), Manolo Llorente apoyó otras candidaturas como la de Cerberus para intentar volver al club.

Dicha candidatura no llegó a buen puerto, dado que se trataba de un conocido fondo buitre al que solo le interesaba el club en el ámbito inmobiliario.