Paralelamente trató de incursionar en la política, postulando en 1995 al Congreso, por las filas del partido Renovación aunque sin mucha fortuna.

[10]​ Frecuentemente cuestionado por los medios habida cuenta de los repetidos fracasos de la selección peruana en las eliminatorias[11]​ y rechazado por la opinión pública,[12]​[13]​ Burga suele defenderse aduciendo que solo lo juzgan por los resultados y no por sus obras.

Burga también se vio envuelto en polémicas verbales con algunas glorias del fútbol peruano como Teófilo Cubillas y Juan Carlos Oblitas a quienes criticó con fuertes declaraciones[17]​ que le han costado a su vez numerosas críticas contra él .

[21]​aunque la justicia norteamericana lo haya declarado no culpable, único dirigente deportivo en tal situación.

[26]​luego de lo cual fue extraditado a los Estados Unidos de América, donde enfrentó un proceso judicial[27]​En el año 2017, fue declarado no culpable por la justicia estadounidense, lo cual lo convierte en el único funcionario del caso FIFA GATE en ser absuelto.