[1]​ De sus primeros años, así como de su vida en Chile, no existe demasiada información y, en su mayor parte, se encuentra asociada a las actividades políticas que acometió junto a su hermano mayor Francisco Bilbao.

En Perú continuó con sus actividades políticas y periodísticas, al tiempo que escribió varios libros históricos.

Además de publicar libros históricos, se involucró desde la prensa en los conflictos limítrofes entre Chile y Argentina.

[5]​ También entró en polémicas con Domingo Faustino Sarmiento debido a cierto «juicio ligero e injusto» que el intelectual argentino habría lanzado contra la memoria de Francisco Bilbao.

[5]​ Esta polémica se vio reflejada en el libro recopilatorio Cartas a Sarmiento que fue publicado en Buenos Aires en 1875.

Manuel Bilbao vivió por treinta años en la capital argentina, dejando un legado intelectual de importancia tanto en el trabajo histórico como en el periodismo.