Tiene por objeto aumentar la interoperatividad e integración de las unidades de operaciones especiales del Ejército de Tierra, de la Armada y del Ejército del Aire.
El MCOE, ostenta la representación a nivel nacional de todo lo relacionado con las operaciones especiales y se encuentra al frente de los ejercicios de operaciones especiales en el ámbito conjunto de la Defensa.
Es el organismo asesor del Jefe del Estado Mayor de la Defensa y del Comandante del Mando de Operaciones, en materias propias de las operaciones especiales.
El Mando Conjunto de Operaciones Especiales tiene su antecedente en el Núcleo Coordinador de Operaciones Especiales (NCOE) que fue creado a partir de la Sección J3B del Mando de Operaciones y estuvo bajo la dependencia directa de su comandante.
El personal militar del MCOE utiliza una boina verde adornada con su distintivo.