El EMAD y sus órganos tienen como objetivos dar apoyo al Jefe de Estado Mayor, desarrollar la estrategia militar y diseñar las operaciones militares.

El Estado Mayor de la Defensa fue creado en 1984 como un órgano dependiente del Jefe de Estado Mayor de la Defensa y que estaba formado por el Cuartel General cuyo único órgano era el Estado Mayor Conjunto de la Defensa.

El EMAD y el JEMAD en origen eran prácticamente el mismo órgano, y no fue hasta 2004 que se amplió por primera vez su estructura dependiendo de este no solamente el Estado Mayor Conjunto de la Defensa (del que dependía el CIFAS) sino también el Mando de Operaciones.

[4]​ Esta ley, además, no regulaba a fondo el órgano y daba libertad al JEMAD para estructurarlo de tal forma que «permita la definición y el desarrollo de la estrategia militar, el planeamiento y conducción de las operaciones militares y el ejercicio del resto de sus competencias».

[6]​ Son órganos básicos del Estado Mayor de la Defensa: Sus fines son la asistencia al Presidente del Gobierno y al Ministro de Defensa, el mando de la estructura militar, la dirección de las operaciones militares, la planificación y acción conjunta de las Fuerzas Armadas y las acciones multinacionales, así como la coordinación de los jefes de Estado Mayor del Ejército de Tierra, de la Armada y del Ejército del Aire y del Espacio.