En Haití e Irak también han sido desplegados destacamentos de la UOE.
Hubo que diseñar infraestructuras, normalizar los procedimientos de dos unidades muy diferentes, proponer un nuevo sistema de formación, definir nuevos materiales, elaborar publicaciones doctrinales, y hacerse independientes en el apoyo logístico.
Desde 2009 la FGNE ha estado involucrada en operaciones en Somalia, Líbano, Haití, Cabo Verde e Irak.
Estas se ejecutan principalmente en el ámbito marítimo o litoral, en apoyo a las operaciones navales.
Sus miembros se entrenan para convertirse en expertos en operaciones especiales marítimas y litorales, estar capacitados en paracaídas tanto en saltos diurnos como nocturnos sobre tierra y mar, así como en salidas desde submarinos.
Esta capacidad les permite llevar a cabo misiones críticas como la interceptación y asalto en alta mar, como lo demostraron con una banda de piratas en el Océano Índico, descendiendo desde helicópteros sobre un buque secuestrado.
La Fuerza de Guerra Naval Especial aporta a la Armada unas capacidades especialmente adaptadas y preparadas al entorno marítimo que las hace la opción preferente para las operaciones realizadas en, bajo, hacia o desde la mar.
La Instrucción 149/2004 buscaba una implicación mayor de la Armada en la Guerra Naval Especial.
Cuando la Unidad de Operaciones Especiales (UOE) se integró en la FGNE, la misión de reconocimiento anfibio pasó a asumirla la BRIMAR, creando para ello la URECON.
Las tres unidades tienen la boina verde como prenda distintiva y comparten momentos comunes en su historia.
Estas unidades se agrupan en elementos con los siguientes cometidos principales: La unidad básica de combate es el Estol, designación que proviene del nombre de las partidas organizadas por los almogávares (siglo XIII-XIV) y que equivaldría a una compañía.
Este grupo está siempre listo para apoyar una hipotética acción de la FGNE.
El curso se realiza en la Escuela Infantería de Marina General Albacete y Fuster (EIMGAF).
Los aspirantes que lo superan la fase de operaciones especiales, la primera, pasan a las otras dos partes del curso.
La EMMOE es el centro docente militar de referencia en España para operaciones especiales y organiza el Curso de Operaciones Especiales para los tres ejércitos.
Al finalizar la especialidad/aptitud los integrantes de la FGNE están cualificados en múltiples técnicas: reconocimiento especial, acción directa, asistencia militar, buceo con oxígeno, manejo de explosivos, paracaidismo, evasión y escape, combate en tierra, infiltración y exfiltración, defensa personal y tiro de precisión e instintivo, entre otras facetas.
A todos los oficiales, suboficiales y soldados y marineros que ingresan tras pasar la dura selección se les entregará la boina verde, símbolo tradicional de la Unidad.
En la boina está colocado el distintivo del FGNE con el lema Serenitas et Audacia (Serenidad y Audacia), como reconocimiento de la Especialidad y Aptitud.
Entre las armas propias que la unidad emplea para poder realizar sus misiones están pistolas SIG-Sauer P320 con silenciador, pistolas Glock 17, subfusiles FN P90, fusil de asalto M16, fusil de asalto HK416 y HK417, escopetas Remington, ametralladora Ameli, lanzacohetes C-100 y C-90C, etc.
Tampoco falta el material especializado de navegación, paracaidismo, buceo, escalada y alta montaña.
Los vehículos ligeros de operaciones especiales (VLOE) Neton también equipan a la unidad, 10 fueron adquiridos por la Armada.