La Orden fue expulsada durante la Guerra de la Segunda Coalición y Malta fue ocupada por Napoleón.

Finalmente, los franceses capitularon en 1800, tras un asedio de dos años y Malta se convirtió voluntariamente en un protectorado británico.

La peste estalló en Malta en marzo de 1813, cuando un barco mercante británico infectado con la enfermedad llegó desde Alejandría.

[1]​ En 1825, el escudo maltés y las demás monedas que circulaban en aquella época fueron sustituidos oficialmente por la libra esterlina, siendo la moneda de menor valor un tercio de penique acuñado a intervalos irregulares, siendo la última emisión en 1913, manteniendo viva la tradición del "grano" maltés, equivalente a la doceava parte de un penique.

[3]​[4]​ Se crearon organizaciones políticas, como el Partido Nacionalista, para proteger la lengua italiana en Malta.

Después de que Filippo Sciberras convocara una Asamblea Nacional, en 1921 se concedió el autogobierno bajo dominio británico.

Malta obtuvo un parlamento bicameral con un Senado (posteriormente abolido en 1949) y una Asamblea Legislativa elegida.

En 1923 se tocó por primera vez en público el Innu Malti, y ese mismo año Francesco Buhagiar fue nombrado primer ministro, seguido en 1924 por Sir Ugo Pasquale Mifsud y en 1927 por Sir Gerald Strickland.

Los británicos utilizaron Malta para lanzar ataques contra la armada italiana y tenían una base de submarinos.

Mabel Strickland declararía: "Los italianos decidieron que no les gustaban [los Gladiadores y los cañones AA], así que soltaron sus bombas a veinte millas de Malta y regresaron".

El piloto de caza italiano Francisco Cavalera observó: "Malta era realmente un gran problema para nosotros, muy bien defendida".

Durante los cuatro meses siguientes, 820 personas murieron y 915 resultaron gravemente heridas.

En parte, decía: "Bajo el fuego repetido de los cielos, Malta se mantuvo sola y sin miedo en el centro del mar, una pequeña llama brillante en la oscuridad - un faro de esperanza para los días más claros que han llegado".

Durante la Segunda Guerra Mundial, Ugo Pasquale Mifsud y Giorgio Borg Olivier eran los únicos diputados nacionalistas que quedaban en Malta.

El gobierno británico acordó ofrecer a las islas tres escaños propios en la Cámara de los Comunes del Reino Unido.

[14]​ Según las propuestas, el Parlamento maltés también mantendría la responsabilidad sobre todos los asuntos, excepto la defensa, la política exterior y la fiscalidad.

[16]​ Además, la decreciente importancia estratégica de Malta para la Marina Real hizo que el gobierno británico se mostrara cada vez más reacio a mantener los astilleros navales.

[17]​ Bajo protesta, Mintoff dimitió como Primer Ministro, mientras que Borġ Olivier se negó a formar un gobierno alternativo.

Esto hizo que las islas quedaran bajo la administración colonial directa de Londres por segunda vez, y que el MLP abandonara el apoyo a la integración y abogara por la independencia.

Malta fue la única colonia británica en la que se consideró seriamente la integración con el Reino Unido, y los gobiernos británicos posteriores han descartado la integración para los restantes territorios de ultramar, como Gibraltar.

Giorgio Borġ Olivier fue nombrado primer ministro al año siguiente, cuando se presentó el informe Stolper.