Los conocimientos de la malacología se usan en aplicaciones médicas, veterinarias y agrarias.
Esta característica, es decir, sensibilidad de los moluscos a los cambios en el hábitat, facilitan la detección de factores disruptores del equilibrio en el ecosistema.
[9] En la arqueología la malacología es comúnmente utilizada para determinar los cambios en el clima, el paisaje o la historia natural de un sitio, ya que al poseer conchas calcáreas la gran mayoría de los moluscos pueden fosilizar.
[12][13][14] Los moluscos pueden actuar como huéspedes intermediarios de patógenos humanos de enfermedades como la esquistosomiasis[12][13][15][16] angiostrongiliasis meningoencephalica,[17][18][19][20][21] o la paragonimiasis westermani[22][23] Algunos moluscos (caracoles de tierra, mejillones y almejas) también han sido utilizados a nivel local por su calidad de biointegración permitiendo así evaluar la contaminación ambiental por metales pesados.
[cita requerida] Se denomina malacólogo a quien estudia los moluscos.