Durante todo el turbulento e inestable proceso de transición, el MFA tuvo un importante papel en la vida política portuguesa.
En abril de 1975 sufrieron un revés electoral, a favor del Partido Socialista.
En el verano de 1975, el Partido Socialista y el Partido Social Demócrata salieron del cuarto gobierno provisional, dirigido por el militar Vasco Gonçalves, del MFA, al que acusaban de no respetar la democracia y querer imponer un régimen comunista.
Durante ese verano el Movimiento de las Fuerzas Armadas se dividió abiertamente en tres facciones: La situación del verano de 1975, con la movilización anticomunista del norte y el Partido Socialista sacando multitudes a la calle para protestar contra al gobierno de Vasco Gonçalves dejaron claro que este no podría gobernar pacíficamente.
En una nueva asamblea del MFA, la facción cercana a los socialistas venció en las votaciones y Vasco Gonçalves tuvo que dimitir.