Posteriormente, Montoya dirige diferentes selecciones de Antioquia, con las cuales consiguió algunos títulos; lo que le llevó a conducir las divisiones menores del Atlético Nacional, coronándose campeón en sus diferentes categorías.
Equipo con el que consiguió el título del Torneo Apertura; y un año después, para sorpresa del mundo futbolero: La Copa Libertadores 2004, derrotando en la final al encopetado Boca Juniors de Argentina.
En honor a estos éxitos, fue reconocido por el Diario El País de Uruguay como Mejor Director Técnico Sudamericano del año 2004.
[5] Desde entonces, ha sido un ejemplo de superación para todas las personas que se hallan en condiciones físicas similares a la suya.
En este último club llegó a firmar un precontrato y se disponía a viajar en esos días al Viejo Continente junto con el jugador Rafael Robayo para formalizar el fichaje de ambos.