Como entrenador del equipo de la Universidad de Antioquia llamó la atención, lo que lo llevó a dirigir la selección del departamento.
[2][3] En 1983 fue convocado por Efraín Sánchez como asistente técnico para la Copa América disputada ese año y más adelante integró el cuerpo técnico de Gabriel Ochoa Uribe.
En 1985 tuvo la oportunidad de dirigir a la selección de su país en el Sudamericano Sub-20 de Paraguay, al que convocó a jugadores como René Higuita, Wilmer Cabrera y John Jairo Tréllez, logrando la clasificación al mundial junto con el país organizador y Brasil.
[2] Esta eliminación hizo que Marroquín dejara su cargo y regresara a Colombia, donde fue contactado por el club Millonarios de Bogotá para iniciar un ambicioso proyecto de divisiones menores.
Acto seguido regresó a su natal Antioquia y creó una escuela de fútbol, la cual funcionó hasta el año 2009.