[3] El obispo Santos se encuentra entre los simpatizantes del "liberalismo" o Partido Liberal de Honduras, ha participado en mítines y huelgas pacíficas de grupos campesinos, siendo mediador en algunas situaciones por problemas territoriales y ejidales, entre campesinos y terratenientes.
Todo lo anterior surgió debido a un posible vertido de cianuro en el cauce del Río Higuito por la empresa minera.
Debido a sus incursiones en pro de la población civil, los habitantes de pueblos indígenas, la libertad de expresión, y la continuidad de la democracia en Honduras, el Obispo Luis Alfonso Santos declaró que se lanzaría como candidato político, para un puesto público, no fue bien visto sus intenciones por los políticos y por sus compañeros prelados de la Iglesia Católica la que le solicitó, no en una, sino en varias ocasiones cordura debido a su posición como jerarca obispal de la zona occidental, a lo que el Obispo Santos, respondió que continuaría con sus pretensiones políticas y conformo el Movimiento Liberales Auténticos.
Es por ello, que fue nombrado un nuevo Obispo para la Diócesis de Santa Rosa de Copán, recayendo en el Obispo hondureño Monseñor Darwin Rudy Andino Ramírez, quien fue nombrado por el papa Benedicto XVI en noviembre del 2011.
[7] El ex Obispo manifestó a diarios hondureños, que desde el 26 de abril el Vaticano no le da el permiso correspondiente para su candidatura política, como aspirante presidencial por el Partido Liberal de Honduras y es así que en rueda de prensa, mencionó que debido a esta objeción en la respuesta de la Santa Sede, Luis Alfonso Santos "declina de su candidatura presidencial" y que se compromete a trabajar siempre por los más pobres y necesitados de su país.