Tras juicio, prisión y exilio, se convirtió en el hombre más popular de Bélgica.
A causa de la segunda invasión francesa, en 1794, buscó asilio en Alemania, y esta emigración se prolongó hasta la época del Consulado.
Ya en 1816 había publicado unas Considérations sur l'histoire des principaux conciles depuis les apôtres jusqu'au Grand Schisme d'Occident ("Consideraciones sobre la historia de los principales concilios desde los Apóstoles hasta el gran Cisma de Occidente").
Pero fue gracias a la misma por lo que pudo sin embargo entrar en la carrera de los empleos y estuvo bien situado gracias al jefe del departamento del Interior, Pierre Van Gobbelschroy, antiguo condiscípulo suyo.
Van Maanen lo persiguiió por complot contra el Estado y excitación a la revuelta.
Pesó exiliarse en Francia, pero este país rehusó acogerlo y terminó por expulsarlo a Prusia.