[1]​ En 1766 fue ordenado sacerdote, al tiempo que se acercaba a la doctrina jansenista.

Intentó reorganizar su diócesis, aboliendo varias órdenes religiosas y reformando la estructura parroquial, que llevó a cerrar numerosas iglesias que pasaron luego a ser usadas para fines civiles.

[3]​ La acogida negativa que tuvo el sínodo en el clero de Toscana y, luego, la condena romana, hizo que Scipione se encontrase cada vez más aislado, pero el golpe definitivo para el obispo de Pistoya, fue en 1790, cuando su protector, el Gran duque de Toscana, se convirtió en el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, dejándolo sin ningún apoyo político en la Toscana.

En 1805, en un encuentro con el papa Pío VII en Florencia, abjuró nuevamente de sus tesis y renunció a toda doctrina contraria a la Iglesia católica, especialmente al jansenismo.

Se retiró a una vida solitaria, condición en la que murió en 1810.