Limita con los municipios de Albuñuelas, El Valle, El Pinar, Vélez de Benaudalla, Salobreña, Molvízar, Ítrabo, Jete y Lentegí.

Guájar Faragüit, Guájar Fondón y Guájar Alto fueron tres municipios independientes hasta que, en 1973, se fusionaron en uno solo llamado Los Guájares, recayendo la capitalidad municipal en el núcleo faragüilero.

Sus primeros pobladores fueron probablemente almohades que vivían en alquerías.

Durante la llamada Guerra de las Alpujarras se vivió uno de sus episodios más sangrientos, al remontar las tropas del Marqués de Mondéjar el curso del río Toba con la orden de pasar a cuchillo a cuantos moriscos encontraran a su paso.

Tras la expulsión de los moriscos y la posterior repoblación del lugar con colonos de otras regiones —principalmente de La Mancha y del Reino de Jaén—, las alquerías que hasta entonces ocupaban el valle quedaron reducidas a los tres Guájares actuales, abandonado el antiguo poblado fortificado existente en el pago conocido actualmente con el nombre de El Castillejo.