En 1841 llegó a ser provisor y vicario sustituto de Dámaso Antonio Larrañaga, mientras éste realizaba visitas al interior del país.
[1] A la muerte de Larrañaga, en 1848, fue nombrado vicario apostólico del Uruguay.
Esta función había sido reservada para Dámaso Antonio Larrañaga el cual representaba la máxima autoridad eclesiástica del Uruguay, pero debido a su fallecimiento en 1848 le es otorgada a Fernández el cual fuera su sucesor como vicario apostólico.
[4] Durante su breve período como rector se destacan la puesta en marcha de los cursos y la redacción del primer reglamento universitario.
[5] En 1850 fue sucedido en el cargo por Manuel Herrera y Obes.