En 1938, en Chile se vio envuelto en un caso de espionaje que lo llevó inclusive a estar detenido en aquel país.Las que más interesaron al agregado militar fueron el empresario germano August Siebrecht, presidente del Club Alemán, Siebrecht le proporcionaba un canal con los círculos nacionalsocialistas.

Los diarios chilenos del día siguiente informaban que en el lugar se había encontrado un maletín lleno de dinero.

Según Perón hablando del tema con su biógrafo, a Lonardi "lo echaron de Chile".

Al llegar a Buenos Aires, quedó arrestado y casi pierde la carrera.

[4]​[3]​ Al llegar a Buenos Aires, el oficial Lonardi fue detenido y permaneció durante 15 días bajo arresto en el Hotel Savoy, a la espera de que se le formara un consejo de guerra.

Al renunciar Perón, el sector leal del Ejército detuvo su avance hacia los rebeldes, incluyendo a la 5.ª División de Ejército con asiento en Salta, que detuvo su avance hacia Córdoba.

[3]​ Lonardi mantuvo ciertos cambios políticos y sociales que se habían gestado durante el gobierno constitucional de Juan Domingo Perón.

[6]​ Designó en los cargos principales a amigos y compañeros de conspiración antiperonistas.

A pocos días de asumir Clemente Villada Achával su cuñado, ganaba terreno en el gobierno.

[15]​ Las posiciones ideológicas de su gabinete oscilaban en dos extremos: había ministros que adherían a las tradiciones liberal de Argentina, y que se habían opuesto al peronismo desde el primer día y que ahora en el poder, pretendían desmantelar todo el aparato político del peronismo, disminuir el poder de la CGT y reconstruir la vida política sobre la base de partidos políticos sin influencia alguna del peronismo.

Cerruti Costa resiste la presión y logra, con apoyo de Lonardi, un nuevo pacto con la CGT, por el cual vuelven a ser reconocidas las autoridades de la central sindical y se decide designar de común acuerdo a los interventores sindicales que procederían a la normalización.

Que en sus orígenes habían simpatizado con las políticas de Juan D. Perón adoptadas en su primer mandato.

Siendo designados vía decreto Alfredo Orgaz, Manuel Argañarás, Enrique Valentín Galli, Carlos Herrera y Jorge Vera Vallejo.

[5]​ La dictadura de Lonardi duraría solo 51 días tras la cual sería depuesto mediante un golpe palaciego perpetrado por Isaac Rojas y Aramburu.

Durante su breve régimen dictatorial la dirigencia gremial comprometida con el gobierno depuesto fue perseguida, el Congreso Nacional disuelto; las provincias fueron intervenidas, desplazando a los gobernadores electos por interventores adictos; a los miembros de la Corte Suprema de Justicia se los dejó cesantes; se intervinieron las universidades y se desplazaron a decenas de profesores.

Un golpe interno en las Fuerzas Armadas, determinó el día 13 de noviembre su reemplazo por Pedro Eugenio Aramburu.

Conformó una «Junta Consultiva» con la Unión Cívica Radical y otros partidos de la oposición al peronismo, que tuvo continuidad con Pedro Eugenio Aramburu.

La frágil salud de Lonardi era un factor que tornaba inestable el equilibrio entre las dos tendencias.

Al ser nombrado para el cargo pidió que se le juzgara por su actos del presente y no por las notaciones de un «archivo arcaico».

Villada preparó un decreto devolviendo Crítica a sus anteriores dueños, los Botana, como estaba haciendo el gobierno con otros medios que habían integrado la excadena oficialista,[cita requerida] pero Busso lo venía demorando.

Villada lo atribuía al propósito de beneficiar a Clarín, cuyo director y propietario Roberto Noble era cuñado del ministro.

Durante su gestión dispuso que fueran intervenidos los más importantes periódicos para reorientar su mensaje, colocando en ellos personas favorables al régimen .

Los jefes militares no deseaban el alejamiento de Lonardi y consideraban posible llegar a un acuerdo con este.

A pocos días de asumir Clemente Villada Achával su cuñado, ganaba terreno en el gobierno.

El primero se limitó a informar del cese de Lonardi; el segundo sostiene que Lonardi había sido depuesto debido a la “presencia de grupos que orientaron su política hacia un extremismo totalitario.

[36]​[37]​ Falleció poco después en ese mismo mes de marzo, el día 22, a sus 59 años.