[1]​ Durante el gobierno del presidente Juan Domingo Perón fue agregado naval de las embajadas en Brasil y en Uruguay (1950-1951), y posteriormente director de la Escuela Naval (1953-1955).

Durante gran parte del peronismo mantuvo una actitud política neutra sin manifestar opinión alguna.

Rojas fue vicepresidente del gobierno provisional que encabezó Lonardi y retuvo el cargo durante la dictadura de Pedro Eugenio Aramburu.

[12]​[13]​Como Jefe de Operaciones Navales estuvo involucrado en 1957 en los hechos que condujeron al incidente del Islote Snipe en el Canal Beagle y que tensaron las relaciones entre Chile y Argentina.

[15]​ Isaac Rojas intervino[cita requerida] en 1963 en un fracasado golpe de Estado contra el gobierno del presidente interino José María Guido.

[16]​ Para ello creó el Movimiento de Reafirmación de la Soberanía Argentina en Picton, Lennox, Nueva y demás islas del Atlántico Sur y compiló el libro Argentina en el Atlántico, Chile en el Pacífico.

En 1989, al asumir la presidencia Carlos Saúl Menem, acudió a visitar al Almirante Rojas en su domicilio, un departamento ubicado en calle Austria entre Santa Fe y Arenales, que Rojas ocupó durante toda su vida.

Apodado «La Hormiga Negra» debido a su muy delgado físico y las enormes gafas que usaba.

[17]​ Había pedido que —al fallecer— sus cenizas fueran esparcidas sobre el mar argentino, en el lugar donde durante la guerra de las Malvinas fue hundido el crucero ligero ARA General Belgrano.