Esta es una lista de los episodios de la serie Stargate Atlantis hasta la fecha.
Se han transmitido hasta el 9 de marzo de 2009, los 100 capítulos producidos.
El equipo de Sheppard llega a un planeta donde encuentran por la terquedad de Rodney una especie de cristal similar al que Jack O'Neill encontró hace 10 años, Sheppard los despierta al tocarlos, y emanan una especie de rayo.
Al llegar a Atlantis, primero Teyla , luego la doctora Keller y después Ronon, y hasta el mayor Lorne tienen pesadillas donde el mayor Sheppard tiene una presencia negativa.