Tiempo después, sería reasignado como piloto de la base aérea McMurdo en la Antártida, durante varios meses.

En una ocasión, le tocó llevar al general O'Neill a la base avanzada de los Antiguos.

Sheppard lideró entonces una misión para rescatar a esta gente, pero se vio forzado a disparar al coronel Sumner para evitarle el sufrimiento que una guardián Wraith le estaba provocando al alimentarse de él.

El plan funcionó, y Sheppard logró salvarse gracias a la llegada oportuna del Daedalus.

[6]​ Más tarde, durante la falsa alianza propuesta por los Wraith, Sheppard intentó detener a dos naves colmena Wraith que estaban atacando al Dédalo, pero toda comunicación con él se perdió, cuando las naves enemigas entraron al hiperespacio, rumbo a la Tierra.

Sin embargo, Sheppard convenció al Wraith (más tarde conocido como Todd) de unir fuerzas para escapar, y una vez que eliminaron a sus perseguidores, el Wraith fue capaz de devolverle a Sheppard los años que le quitó.

Durante este episodio, Kolya escapó, pero meses después, Sheppard volvió a encontrarse con él, matándolo en un duelo.

[9]​ Mientras la ciudad Atlantis intentaba escapar del arma de un satélite-portal Asuran, el rayo que los atacaba alcanzó la torre principal, y dejó incapacitada a la Dra.

Con la situación de Elizabeth Weir crítica, McKay sugirió reactivar unos nanobots Replicantes que ella aun tenía en su cuerpo para salvarla, pero Sheppard se opuso ya que ella quedaría como mitad-máquina; aun así McKay lo hizo.

Sheppard trabajó junto a la viajera Larrin para acabar con los Wraith en la nave, y tras proponer una alianza, fue liberado.

Allí, un holograma dejado por Rodney McKay le explicó lo que le sucedió, y consiguió transpórtalo de regreso a su época, junto con la dirección del planeta, donde Michael planeaba que Teyla diera a luz, para luego matarla.

[12]​ Durante el episodio "Enemy at the Gate", el teniente coronel John Sheppard recibió órdenes de viajar a la Tierra para operar la Silla del Trono Antigua, cuando la nave Colmena Wraith potenciada por un ZPM llegara al planeta.

Ante esto, Sheppard decidió usar su caza para llegar a la Colmena Wraith, y entrar en su bahía de dardos, donde planeo detonar una bomba nuclear que llevaba.

Tras reunirse con ellos, McKay programó la bomba, y juntos escaparon por el portal, antes de que la Colmena estallara en mil pedazos.