Le tocó vivir una época de extrema movilidad política en la península de Yucatán; los gobernantes se sucedían unos a otros con gran frecuencia: entre 1850 y 1860 hubo 15 gobernadores en el estado.

[2]​ Fue parte del grupo liberal encabezado por el dirigente Miguel Barbachano y Tarrazo.

Al poco tiempo, en 1860, Irigoyen se levantó nuevamente en armas y en esta ocasión persiguió a los Acereto, padre e hijo, que murieron asesinados.

[2]​ Apoyado por el gobernador de Campeche, Pablo García, Irigoyen retorna al poder en Yucatán en 1861.

Este, al tomar posesión del gobierno, decidió el exilio de Irigoyen hacia La Habana, de donde este regresó años después para retirarse a la vida privada.