[1]​ El distrito está dividido por Los siguiente Cantones y Caseríos que se detallan a continuación: Hacia el año 1785, en el paraje llamado Silaiquín, se fundó la aldea de San José de Las Flores que en 1832 sería erigida como pueblo.

Desde 1855 forma parte del departamento de Chalatenango y en 1890 su población era estimada en 1.490 habitantes.

La guerra civil de El Salvador afectó severamente a la localidad, lo que provocó el éxodo de sus habitantes.

El distrito de Las Flores es conocido como un bastión del partido Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional.

Desde 1994 hasta 2024, el gobierno municipal fue liderado por el mismo partido, bajo diferentes alcaldes, la última alcaldesa del municipio fue Buenaventura Tobar.