[12]​ En 1970 una crisis se origina en el interior del PCS en virtud de su ortodoxia soviética inclinada hacia las elecciones y el trabajo político burocrático.

[16]​ De las experiencias electorales, declaró finalmente que “la conquista del poder por el proletariado en orden a poner fin al capitalismo, no puede ser llevada a cabo por medio de elecciones o por maniobras electorales”.

En el comunicado, también dijo que el PCS no quería tener futuras relaciones hostiles con Estados Unidos.

Esta posición, de clara orientación de clase media, fue apoyada por Hándal, el PCS, y las otras organizaciones del FMLN, atraídos por las perspectivas que mostraba la alianza con los socialdemócratas del FDR y con una posible alianza con el PDC.

[26]​ Pero la ruptura del FMLN con la revolución socialista no terminó con la liquidación de Ana María y Marcial.

[31]​ Con la disolución del PCS, cortó para siempre sus vínculos con la ideología marxista-leninista y el movimiento comunista internacional que a estas alturas se encontraba en recomposición después de la caída del bloque soviético.

En 1995 entregó la Coordinación General del FMLN a Salvador Sánchez Cerén (Comandante Leonel González).

[34]​ Handal influyó en el 2002 para que la nueva orientación ideológica oficial del FMLN sea el socialismo,[35]​ la cual ya había sido definida en la Convención Nacional del 2000 con la adición en la Carta de Principios y Objetivos del objetivo número ocho titulado “Luchar por construir un régimen económico, social y político de carácter socialista”.

[36]​ Desde sus exposiciones en 1983, definió la tesis de la Revolución Democrática (RD) como la transición al socialismo proletario marxista.

En 1990, durante la transición del FMLN a la legalidad, Joaquín Villalobos presentó una tesis similar - diferenciándose con la tesis de Hándal por su punto de vista socialdemócrata al plantear un socialismo coexistiendo con el mercado – la cual fue publicada en inglés por la Carnegie Foundation.

[41]​ Ganó estas elecciones internas contra Oscar Ortiz, un militante relacionado con los Renovadores.

El contrincante de Hándal por el lado del partido conservador ARENA (que había derrotado al FMLN en las dos presidenciales anteriores), fue Elías Antonio Saca, también descendiente de inmigrantes palestinos y con lazos familiares con Hándal.

[43]​ Aun así, fue duramente criticado durante la campaña electoral mediante el desprestigio y ataques personales sistemáticos conducido por miembros del Partido Republicano en el Congreso de Estados Unidos[44]​ y por personeros conectados directamente a la Administración de George W.

[45]​ El presidente Francisco Flores, señaló en Estados Unidos, que los salvadoreños residentes en ese país podrían ser deportados si ganaba el FMLN debido a la indisposición de Hándal ante las remesas familiares provistas por los salvadoreños residentes en ese país.

[46]​ A cuatro días de las elecciones, el congresista Thomas Tancredo amenazó con controlar dichas remesas.

[52]​ También atrajo a figuras de la clase media como un grupo encabezado por Marina Estela Ávalos, la exesposa del exalcalde de San Salvador por el FMLN y disidente Héctor Silva,[53]​ y un grupo de militares del Ejército liderado por el coronel retirado David Munguía Payés, exlíder del partido Acción Popular.

[54]​ En su campaña como candidato presidencial, trazó en forma clara la dimensión de lo que llamaba el programa antineoliberal.

[55]​ Esta controvertida alianza fue criticada incluso por círculos vinculados a la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas" (UCA).

[57]​ Más tarde, el periódico Frente informó sobre una reunión entre Hándal y Enrique V.

[61]​ En la Asamblea Legislativa, fue sustituido como líder de la bancada por Salvador Sánchez Cerén (Comandante Leonel González).

[77]​ El obispo católico auxiliar de San Salvador, Monseñor Gregorio Rosa Chávez, dijo que Hándal fue el político más grande del país en el siglo XX y de principios del siglo XXI.