Con una superficie de 6 km², las lagunas tienen un volumen almacenado de entre 30 a 40 millones de m³, los cuales desaguan, a través del río Desaguadero en el río Lauca que finalmente las lleva al lago Coipasa, en Bolivia.

[1]​: iii Sus principales afluentes son el río Benedicto Morales, la vertiente Patapatani (localmente llamado "ojos de agua") y el estero El Encuentro y su salida es regulada por obras hidráulicas.

[1]​: 1.2, 2.26 El lago Chungará (subterráneamente), las lagunas de Cotacotani, el bofedal de Parinacota y el río Desaguadero (Lauca) forman una serie de lagunas transitorias y ríos que finalmente dan origen al río Lauca.

La laguna Chungará, que no tiene efluentes superficiales, se encuentra 18 m por sobre las de Cotacotani.

[1]​: 2.17, 2.19  De esa manera la laguna se convierte en un embalse natural.