En ella desemboca el río Papaloapan, así como otros ríos menores como el Limón, el Blanco, Acula y Camarón, así como diversas lagunas costeras e interiores como Camaronera, Tlalixcoyan, Buen País, Popuyeca, Atzizintla, entre más de 100 cuerpos lénticos distintos, intercomunicados del llamado «complejo o sistema lagunar de Alvarado».

Por otra parte, el flujo de aguas marinas se lleva a cabo por la desembocadura del río Papaloapan y por un canal artificial que comunica la laguna Camaronera con el mar.

La vegetación sumergida del área litoral inmediata a la zona de manglar está integrada casi totalmente por Ruppia maritima.

A dicha flora se asocia estrechamente una fauna muy particular, entre la que figuran varios moluscos.

En aguas más profundas se encuentran diversas especies de algas, destacando la rodofita Gracilaria verrucosa.

), apompal (Pachira aquatica), diferentes tipos de palmas (Sabal mexicana, Scheelea liebmanii, Acrocomia mexicana), encinar de Quercus oleoides, selva mediana subperennifolia con vegetación secundaria, selva baja caducifolia, acahuales, pastizales inundables y acuáticos, así como zonas agropecuarias.