En épocas de sequía, la laguna se vuelve salina.
Desde siempre, el nivel de agua de la Laguna Melincué ha estado variando considerablemente, afectando con inundaciones el hinterland, y muchas veces afectando la economía de poblaciones cercanas y el mantenimiento de los caminos.
En 1998-2000, el gobierno provincial creó un Área Estratégica de Planificación del Ambiente en los distritos Melincué, Carreras, Hughes, Elortondo y Labordeboy, con el objetivo de promover su desarrollo sostenible, pero las acciones concretas no se materializaron.
Hábitat adecuado para diversas especies, es considerada como una reserva de usos múltiples dada su significativa influencia tanto regional como continental.
[1] Se sumó entonces el tercer humedal que, junto a Jaaukanigás y la región del Delta e islas del Paraná, conforman el patrimonio de humedales en contar con tal reconocimiento dentro de la provincia, quedando así bajo la denominación de sitio Ramsar número 1785.