Discurre por los términos municipales de Pinto, Valdemoro, y San Martín de la Vega, efectuando una parada en Pinto y dos en San Martín de la Vega, una situada a un kilómetro del casco urbano y otra en Parque Warner.
Es por ello que los viajeros procedentes de Atocha-Cercanías debían llegar primero a Pinto y cambiar de andén para efectuar transbordo.
[2] El trayecto entre Pinto y San Martín de la Vega se efectuaba en 13 minutos.
[5][7] En noviembre del 2013 comenzó a ser desmantelada por completo, siendo ordenado el levantamiento de vías, postes y demás infraestructura por parte de la Comunidad de Madrid a ADIF, descartándose definitivamente su posible reapertura en el futuro.
El 5 de noviembre de 2018 se reintrodujo el nombre C-3a para los servicios de la antigua línea C-3 que circulan entre Aranjuez y El Escorial, al mismo tiempo que la línea C-3 se limitaba al trayecto entre Aranjuez y Chamartín.