El Gobierno del Distrito Federal indicó que la intención fue familiarizar a la población en el uso de la línea.

En consecuencia, se registró un incremento entre 7 y 10 minutos más en el tiempo de recorrido total.

[56]​[57]​ Semanas más tarde, el 27 de marzo la empresa Eurovia Travaux Ferroviaires anunció su retiro de los trabajos de diagnósticos que se llevaron a cabo en la línea 12 por causas desconocidas;[58]​ días más tarde la empresa ferroviaria francesa Systra fue contratada por el gobierno del Distrito Federal y reemplazada por Eurovia Travaux Ferroviaires.

Systra continuó trabajando en conjunto con Travaux du Sud-Ouest en los diagnósticos de la mencionada línea.

Dicho diagnóstico explica las fallas detectadas en la infraestructura, así como la respectiva solución a las mismas.

Se concluyó que hubo errores generales de operación, diseño y mantenimiento en toda la vía.

El informe plantea 32 acciones correctivas y la sustitución de al menos 312,000 piezas solo en el tramo detenido.

Algunas acciones a ejecutar son las siguientes:[61]​[62]​[63]​ Systra y TSO supervisarán los trabajos de mantenimiento, según expusieron las autoridades del Gobierno del Distrito Federal;[65]​ también declararon que se requerirá de un proyecto ejecutivo para rehabilitar la línea el cual deberá diseñarse por todas las partes involucradas.

[66]​ Para ese año comenzaron oficialmente los trabajos de mantenimiento mayor entre las estaciones Tláhuac y Culhuacán, de acuerdo al proyecto ejecutivo anunciado a mediados de 2014; dichos trabajos se extendieron durante todo ese año, para comenzar con reaperturas parciales durante 2015.

[67]​[68]​[69]​ Los resultados de estas pruebas se obtuvieron el 7 de septiembre y fueron enviados a valoración en laboratorios franceses, aunque en el momento se confirmó que las pruebas fueron exitosas y se procedería a seguir la misma línea de rehabilitación en el resto del tramo afectado.

[76]​[77]​ En tanto, la estación Periférico Oriente fungiría como terminal provisional hasta que concluyeran los trabajos en el tramo restante, de la estación Tezonco a la terminal Tláhuac, mientras el servicio gratuito con camiones RTP ahora sería ofrecido desde Periférico Oriente hasta Tláhuac.

[80]​[81]​ En agosto de 2016, Gaviño Ambriz informó que para iniciar el mantenimiento se dará prioridad a las curvas que presenten mayor desgaste ondulatorio, y que para comenzar dichos trabajos se contempla el tramo de vías ubicado entre las estaciones Atlalilco a Parque de los Venados.

Las obras comenzarían en diciembre de 2016 y se extenderían en 2017, llevando a cabo los trabajos en horarios nocturnos por 3 horas y 30 minutos diariamente sin suspensión del servicio de trenes.

Como consecuencia, el Sistema de Transporte Colectivo se vio obligado a suspender el servicio entre las estaciones Tláhuac y Culhuacán[84]​ (principalmente por el descarrilamiento menor de un tren en la interestación Nopalera-Zapotitlán sin que hubiera personas lesionadas[85]​ y una falla del suministro eléctrico) en tanto se evaluaba el estado de las instalaciones.

Algunas horas más tarde se reportó que el tren ya había sido reencauzado, pero el servicio seguía suspendido en el tramo elevado.

[86]​ El 20 de septiembre el STC, mediante su cuenta oficial en Twitter, informó que el servicio de la línea 12 sería hasta la estación Periférico Oriente[87]​ mientras continuaban evaluando el estado del tramo suspendido, y se asignaban 50 unidades del sistema M1 para dar servicio a los usuarios en el tramo suspendido.

[88]​ El 21 de septiembre el servicio entre las estaciones Tezonco y Tláhuac continuó suspendido.

[90]​ También se confirmó que el sistema M1 seguirá brindando servicio en el tramo suspendido.

El 24 de septiembre se informó que el tramo Nopalera-Tláhuac se mantendría cerrado al menos por 4 semanas para realizar la reparación en la columna y el cambio de elementos en las curvas 11 y 12.

[95]​[96]​[97]​ El suceso tuvo como consecuencia preliminar un estimado de 26 fallecidos y 80 heridos.

[98]​ El accidente provocó un nuevo cierre de operaciones en la línea 12, esta vez en la totalidad del recorrido, además de severas congestiones viales sobre avenida Tláhuac, la cual fue cerrada al paso de vehículos en la zona en tanto se retiran los escombros y se realizan los peritajes correspondientes.