La línea 125 discurría entre Cuatro Caminos, Bravo Murillo, Pl.

Generalísimo Franco (actual Pº de la Castellana), Melchor Fernández Almagro, Herederos de Nava, en donde había una bifurcación al tomar por un lado la calle Ángel Mújica y por la otra San Dacio.

Circula por esta calle hasta el final, donde sale a la autopista M-11 en dirección al nudo de Manoteras, nudo en el que sigue por la autopista M-30 para continuar poco después por la autovía M-607, por la que circula brevemente para desviarse hacia el Hospital Ramón y Cajal en la primera salida.

Entra al recinto hospitalario por el tramo de la calle San Modesto que transcurre paralelo a la vía del ferrocarril, teniendo su cabecera junto a la entrada principal del hospital.

Desde la entrada principal al Hospital Ramón y Cajal, la línea rodea la ciudad sanitaria por las calles de Antoniorrobles y San Modesto saliendo de nuevo a la autovía M-607 a través del puente de la avenida del Cardenal Herrera Oria.