Después, ante la Intervención Francesa, combatió en Acultzingo y asistió a la batalla del 5 de mayo (1862) en Puebla.

Fue hecho prisionero, pero logró escapar y se reincorporó a las fuerzas republicanas.

Restaurada la República, Garza Ayala se incorporó al servicio público y presidió el Tribunal Superior de Justicia; fue entonces que, durante la licencia concedida al gobernador Jerónimo Treviño en noviembre de 1869, se ocupó interinamente del poder ejecutivo de Nuevo León.

Los decretos más importantes promulgados por el gobernador Garza Ayala consistieron en la exención de impuestos a la inversión y al capital durante cierto tiempo, a fin de estimular la industria, la agricultura y la construcción.

Por ello el doctor José Eleuterio González lo mencionaba como alguien que "manejaba tan bien la pluma como la espada".

Su desempeño al frente del gobierno le valió la simpatía de los neoleoneses, que conservó hasta su muerte ocurrida en la casa núm.