Meses después, como candidato del MPK, fue elegido presidente prácticamente sin oposición, bajo la promesa de reducir los poderes presidenciales, democratizar el sistema político y aumentar la transparencia gubernamental.

Tras una controvertida reforma constitucional,[3]​ Bakíyev se presentó a la reelección en 2009, triunfando por aplastante margen luego de que Almazbek Atambayev, el principal candidato de la oposición, se retirara denunciando fraude electoral.

En ese contexto, el 6 de abril estalló una revuelta social generalizada que forzó a Bakíyev a abandonar la capital, siendo declarado al día siguiente un gobierno provisional bajo el liderazgo de Rosa Otunbáeva, aunque algunas zonas del país permanecieron bajo el control del régimen durante toda la semana posterior.

Casi dos semanas después, 23 de marzo, Akáyev abandonó el país con su familia, y el primer ministro Nikolái Tanáiev, dimitió ese mismo día, lo que provocó un vacío de poder, ya que la constitución de Kirguistán ponía al primer ministro como sucesor directo del presidente.

Luego de un gobierno de dos días del presidente del Parlamento Ishenbai Kadyrbeko, considerado inconstitucional,[8]​ el Parlamento nombró a Bakíyev Presidente interino.

Esta victoria puede ser atribuida en parte a su alianza política con Felix Kulov, que fue nombrado primer ministro posteriormente.

Bakíyev afirmó varias veces que la oposición estaba planificando un golpe de Estado contra él, lo que causó varios arrestos arbitrarios y numerosas violaciones a los derechos humanos.

[21]​ Bajo la nueva constitución, Bakíev adelantó las elecciones parlamentarias a diciembre de ese mismo año y fundó su propio partido, Ak Jol.

[18]​ Frustrado por las denuncias de fraude y las pocas probabilidades de que estas elecciones fueran limpias y justas, el primer ministro Almazbek Atambáyev, del Partido Socialdemócrata, presentó su dimisión.

[27]​ El día de la votación Nazaraliev, y posteriormente Atambáyev, retiraron sus candidaturas alegando que se estaba cometiendo un fraude electoral generalizado.

Nazaraliev afirmó que el gobierno salido de dichos comicios sería ilegítimo, y Atambáyev declaró: "Debido a violaciones masivas, sin precedentes, consideramos estas elecciones ilegítimas y exigimos que una nueva elección debe ser realizada.

[38]​ El 6 de abril en la ciudad occidental de Talas aproximadamente 1000 manifestantes tomaron por asalto la sede del gobierno y capturaron brevemente a los trabajadores del gobierno, teniéndolos como rehenes.

Las fuerzas de seguridad volvieron a ocupar el edificio por la tarde, sólo para ser expulsadas nuevamente por los manifestantes.

Cientos de manifestantes se reunieron a continuación, y estalló la violencia en las principales ciudades del país.

[49]​ Tras su renuncia, Bakíyev huyó a la ciudad de Taraz, en Kazajistán, anunciando que desde el exilio discutiría con el gobierno de Otunbáeva una solución pacífica para la crisis política.

[52]​ El gobierno de Rusia rechazó esta afirmación con el argumento de que ya había presentado su renuncia diciendo "este documento no puede ser rechazado por una declaración verbal.

"[53]​ La respuesta de Bakíyev fue que el gobierno ruso había orquestado un golpe contra él por negarse a tolerar su presencia militar en territorio kirguiso, y por permitir que los estadounidenses utilizaran sus bases para abastecerse durante la guerra de Afganistán.