En la década de 1570, Kuki se alió con Oda Nobunaga y comandó su flota, apoyando los ataques terrestres contra los Ikkō-ikki en la bahía de Ise.[1] En 1575, Nobunaga permitió a Yoshitaka apoderarse de la provincia de Shima, expulsando a otros clanes marítimos, como el clan Mukai.En 1576, fue derrotado en las Kizugawaguchi por la flota del clan Mōri, pero en 1578 obtuvo la victoria en la segunda Batalla de Kizugawaguchi, en la que Kuki utilizó «barcos de hierro» para repeler las flechas y las balas de mosquete de los barcos enemigos del clan Mōri.En 1587, dirigió la flota de Toyotomi Hideyoshi en una campaña en Kyūshū, junto a Konishi Yukinaga, Wakizaka Yasuharu y Katō Yoshiaki.En 1600, en la Batalla de Sekigahara, Kuki Yoshitaka luchó junto a las fuerzas de Ishida Mitsunari, mientras que su hijo Kuki Moritaka se unió a la fuerza opositora, bajo el mando de Tokugawa Ieyasu.
Batalla de Pusan entre la armada japonesa de Kuki Yoshitaka y la armada coreana en junio de 1593
