Formada por movimientos glaciares durante la última glaciación, separa las penínsulas de la Selva Dánica y Wagria.
No obstante, al menos 30 especies diferentes de peces utilizan el fiordo como hábitat.
Entre los habitantes permanentes del fiordo figuran el escorpión marino y varias especies de gobios.
Atraídos por las aguas fluviales del Schwentine, salmones, truchas marinas y arenques entran en el fiordo en sus migraciones de desove.
Como puerto del mar Báltico, el fiordo de Kiel se ve frecuentemente afectado por el hielo.