[8] Estos métodos son similares a los introducidos por James Bjorken (SLAC).
Lideró una colaboración con Alan Chodos, Robert Jaffe, Charles Thorn y Victor Weisskopf (todos del MIT) en el desarrollo de un modelo heurístico, invariante gauge y relativista del confinamiento de quarks conocido como modelo de bolsa del MIT,[12] que surgió como un modelo estándar para describir hadrones en cromodinámica cuántica (QCD).
Johnson tuvo un papel destacado en varios de estos estudios.
[13] Junto con Thorn, demostró la emergencia de excitaciones similares a cuerdas en hadrones en QCD,[14] mientras que junto con Jaffe exploró los espectros e interacciones de hadrones exóticos compuestos puramente por gluones o formados por más de tres quarks.
Ken Johnson estuvo casado con la artista Gladys (Diaz de los Arcos) Johnson, que también estudió física en Harvard a principios de los años 1950.