Kenji Fukaya (en japonés: 深谷賢治, romanizado: Fukaya Kenji; prefectura de Kanagawa, Japón, 12 de marzo de 1959) es un matemático japonés especializado en geometría simpléctica y geometría riemanniana.

Tras ello, se trasladó a la Universidad de Kioto como catedrático en 1994.

En 2013, se trasladó a Estados Unidos para unirse al Centro Simons de Geometría y Física en la Universidad de Stony Brook.

También elaboró importantes teoremas en geometría riemanniana y trabajó en áreas relacionadas con la física como teoría de gauge y simetría especular.

Fukaya fue ponente invitado en el Congreso Internacional de Matemáticos de 1990 en Kioto, con una charla titulada Collapsing Riemannian Manifolds and its Applications.