Fue uno de los Cuatro Hitokiri del Bakumatsu y participó activamente en la lucha contra el shogunato Tokugawa.

Nació con el nombre de Komori Genjiro[1]​ (小森 彦次郎) en Kumamoto, Japón, pero lo cambió cuando fue adoptado por la familia Kawakami para convertirse en un monje budista no practicante.

Fue en este contexto que Kawakami Gensai dejó Edo y regresó a Kumamoto.

Kawakami se hizo famoso con el asesinato de Sakuma Shōzan en 1864, un prominente político y erudito japonés que estaba a favor de la presencia extranjera en Japón; dicho asesinato fue hecho a plena luz del día.

Se presume que cometió otros asesinatos, pero no han podido ser probados hasta la fecha.

Sin embargo, sus ideas acerca del aislacionismo contravenían con el nuevo gobierno imperial, quien lo veían como una amenaza al futuro de la nación.

En la cultura popular, el modelo de Kawakami Gensai ha sido plasmado en varias obras japonesas.