Se influenció en el manga por su hermano mayor, principalmente por las obras como Black Jack de Osamu Tezuka y Neon Genesis Evangelion.

Durante su adolescencia se convirtió en un gran dibujante a pesar de que su hermano abandonó el interés.

Después gana el 33° premio tezuka permitiéndose de esta manera entrar al mundo editorial, como asistente de Takeshi Obata, al cual admiraba y ayudaba a producir las obras Arabian Lamp-Lamp y Chikara Mito Densetsu.

Esta obra de 23 páginas representó el episodio piloto del manga Rurouni Kenshin que al siguiente año, 1994.

[5]​[6]​ Watsuki se ha descrito como "pro-doujinshi" y le pide a sus seguidores que les envíen fan comics.