Sus novelas y cuentos frecuentemente tratan de personajes que han sido de alguna manera marginados por la sociedad, centrándose a menudo en la trascendencia y desintegración que procede de este aislamiento social, como en The Cipher, Bad Brains, "Teratisms" o The Blue Mirror.
Koja dijo, en una entrevista con Dark Echo, “Cuando queremos ser más de lo que somos, ¿qué hacemos?
[7] The Cipher, se tituló originalmente The Funhole, pero la editora Jeanne Cavelos publicó la novela de Koja a través de Dell Abyss, que rechazó el título original.
Koja hace esto porque en su vida personal y en sus viajes se encuentra con otros escritores que utilizan su arte como lugar de refugio.
El trabajo de Koja está influenciado por Shirley Jackson, Flannery O'Connor, Carter Scholz y Sylvia Plath.
[13] En 2002, también recibió el honor Kids in Nature's Defense de la Humane Society y el premio Henry Bergh de la American Society for the Prevention of Cruelty to Animals, por su novela Straydog.
Recibió en 2004 el International Reading Association's Children’s Book Award y el Society of Midland Authors' Children’s Fiction Award, por su novela Buddha Boy.
Paula Rohrlick, la elogió en Kliatt, como una "lectura breve, rápida... llena de emoción".