Tres años después, renuncia a su carrera militar para dedicarse por entero al estudio de la geografía política en Múnich.

Sus estudios sobre los aspectos políticos del mundo lo hicieron merecedor por redefinición de la ciencia que conocemos hoy como geopolítica.

Para los hechos históricos que siguieron, Haushofer comprometió su pensamiento con su vinculación indirecta con el movimiento ultranacionalista alemán nacionalsocialista.

Aunque su participación en el partido fue casi nula, proporcionó sus conocimientos de geopolítica al Nazismo, que ya estaba ganando adeptos entre el público.

Debido a su unión matrimonial con una judía, tuvo numerosos inconvenientes con los nazis, por lo que su amigo Rudolf Hess decidió protegerlo.

En 1944, fue vinculado al proceso judicial por causa del atentado fallido contra Hitler dirigido por Claus von Stauffenberg.